1、气流组织方面：东莞普通中央空调系统是乱流气流形式，以较小的通风尽可能达到提高室内温湿度场均匀的目的；而东莞净化空调系统是尽量限制和减少尘粒的扩散，降低二次气流和涡流，至于单向流(即：垂直层流或水平层流)的气流形式是普通中央空调系统所没有的。
1、在空气过滤方面：普通中央空调系统采用一级粗效过滤器，最多采用两级过滤，并且过滤器不设在风口的末端，没有亚高效以上的空气过滤器；而净化空调系统必须设置三级以上空气过滤，风口的末端必须设置亚高效或高效空气过滤器。因此，比较两个系统的室内含尘浓度至少差几十倍。
2、室内压力控制方面：净化空调系统洁净室(区)要求室内为正压或相对负压，最小压差在5～10Pa以上，这就要求供给一定的补充新风量或给予一定的排风；而普通中央空调系统对室内正压没有明确要求。
3、净化空调系统的投资造价比普通中央空调系统也高的多。
4、风量能耗方面：普通中央空调系统只有10次/h以下的换气次数，而净化空调系统要在12次/h以上，甚至十几倍于普通中央空调系统的换气次数，故此，净化空调系统的每平方米耗能量比普通中央空调系统多10～20倍。
